국방부는 안 장관의 학적부 기록을 가장 강력한 반박 근거로 제시하고 있다. 기록에 따르면 안 장관은 1983년 11월 입대해 1985년 1월 제대한 것으로 명시되어 있으며, 특히 1985년 1학기 대학 성적표가 존재한다는 점을 강조했다. 만약 의혹 제기대로 7개월간 군무를 이탈하고 헌병대에 구금되어 추가 복무를 했다면, 해당 시기에 정상적인 학교 수업 이수와 성적 취득이 불가능했을 것이라는 논리다. 이는 지난해 인사청문회 당시에도 한 차례 소명되었던 자료임을 재차 확인했다.

복무 기간이 22개월로 기재된 경위에 대해서는 단순 행정 오류라는 입장을 고수하고 있다. 국방부 측은 안 장관이 방학 기간 중 부대의 요청으로 며칠간 추가 근무를 한 사실은 있으나, 이는 징계에 따른 처분이 아니었다고 설명했다. 당시 부대 행정상 출근 도장 날짜가 부족하다는 연락을 받고 협조 차원에서 출근한 것일 뿐, 이를 탈영과 연결 짓는 것은 비약이라는 주장이다. 또한 당시 거주지와 부대 거리가 도보 2분 내외였던 점을 들어 상식적으로 장기 탈영이 일어날 수 없는 환경이었다고 덧붙였다.
병적 기록을 대중에 공개하지 않는 이유에 대해서는 기록의 부적절성을 언급했다. 당시 기록에는 안 장관의 모친이 부대에 점심을 제공한 일화 등이 마치 특혜나 잘못된 행위인 것처럼 묘사되어 있어, 공개 시 불필요한 오해를 살 수 있다는 판단이다. 국방부는 이러한 주관적이고 왜곡된 기록이 공직자로서의 이미지를 훼손할 우려가 크기 때문에 비공개 원칙을 유지하고 있다고 설명했다. 이는 사실관계 확인보다는 정쟁의 도구로 활용될 가능성을 경계한 조치로 풀이된다.

현재 병적 기록 정정 청구를 하지 않는 이유에 대해서는 현직 장관으로서의 직권 남용 논란을 피하기 위함이라고 밝혔다. 국방부 장관이 재직 중에 본인의 병적 자료를 수정할 경우, 권한을 이용해 기록을 세탁했다는 또 다른 비판에 직면할 수 있다는 것이다. 따라서 모든 공직에서 물러난 뒤 일반인 신분으로 돌아가 투명하게 정정 절차를 밟겠다는 것이 안 장관 측의 구상이다. 이는 행정적 정당성을 확보함과 동시에 현직에서의 논란 확산을 차단하려는 전략적 선택으로 보인다.
정치권의 공세는 여전히 거세다. 국민의힘과 일부 시민단체는 국방부의 해명에도 불구하고 8개월에 달하는 기록 차이를 단순 오류로 보기 어렵다며 공세를 멈추지 않고 있다. 이들은 안 장관이 직접 병적 기록 전체를 공개해 의구심을 해소해야 한다고 압박 수위를 높이는 중이다. 국방부가 정면 반박이라는 강수를 두었지만, 기록 정정이 장관 퇴임 이후로 미뤄지면서 이번 군무이탈 논란을 둘러싼 진실 공방은 당분간 평행선을 달릴 것으로 전망된다.